椎間盤手術是療效較為肯定的手術，但手術過程中及手術後，還是可能會再度復發或出現一些併發症，影響手術後的效果，增加病人的痛苦，有時甚至導致患者因手術併發症死亡。
a. 感染：可能併發手術切口感染或椎間隙感染。
b. 神經損傷：手術中在硬脈外或硬脈內部都有可能損傷神經根。
c. 頭痛：如造成脊髓包膜破裂，引起腦脊髓液滲出後頭痛。
d. 大血管損傷：常見於經後路手術時，損傷腹後壁大的血管出血。
e. 黏連與瘢痕：手術部位的神經根與椎板切除後硬脊膜的暴露部分，常發生與軟組織黏連或瘢痕，會留下腰痛或神經根放射痛，不易治癒，嚴重時需要再開刀。
f. 脊椎關節不穩定：手術後腿痛消失而腰痛持續存在，拍腰椎功能性運動 X 光片時，有明顯的脊柱異常活動。
臨床上一些開刀的後遺症，可使用補腎益氣、活血化瘀、修補神經的中藥治療 2–3 個月，都可獲得良好的改善。
